1994年，县以下的行政管理，实行县辖乡镇和乡镇辖村的三级行政管理体制。全县共划分11个镇，11个乡。乡镇之下，又划分村和组（社）。其中文昌镇辖29村195组，长卿镇辖20村157组，石牛镇辖17村103组，观义镇辖18村118组，玛瑙镇辖20村114组，自强镇辖19村133组，许州镇辖27村165组，黎雅镇辖22村171组，白云镇辖18村140组，卧龙镇辖9村96组，仁和镇辖12村77组。马鸣乡辖14村94组，建兴乡辖7村43组，仙峰乡辖10村61组，双板乡辖12村99组，小垭乡辖8村53组，演武乡辖9村46组，金龙场乡辖13村91组，宝石乡辖11村64组，定远乡辖10村63组，大新乡辖12村82组，文兴乡辖11村73组。
为了方便群众办事和提高行政效率，1996年又对乡镇建制作了部分调整，恢复了1992年撤区并乡建镇时所撤销的一些乡，即从自强镇划出8个村，恢复马迎乡建制，从白云镇划出11个村，恢复石台乡建制，从黎雅镇划出10个村，恢复仙鹅乡建制，从观义镇划出7个村，恢复双峰乡建制，从玛瑙镇划出9个村，恢复交泰乡建制。经过此次调整，全县共设置11个镇16个乡328个村2237个组（社）。
1998年，再次对乡镇建制进行了微调。又从自强镇划出6个村，恢复二洞乡的建制。从长卿镇划出12个村，以6个村恢复东石乡建制，以另6个村恢复三泉乡建制。从许州镇划出7个村，恢复豢龙乡的建制。从文昌镇划出7个村，恢复宏仁乡的建制。至此，全县共设11个镇21个乡328个村2240组。当年9月，在黎雅镇场镇，设文昌宫居民委员会。10月，将长卿镇南桥二组改制为南桥居民委员会。
1999年10月，将卧龙镇金谷村一分为二，改建成金谷和丰谷2个村。全县村的设置累计已达329个。
2000年10月，将卧龙镇金谷村11组改制为兴龙居民委员会。12月石牛镇场镇永乐村的5、6、7、8、9等5个村民小组改制为金牛街居民委员会。2001年4月，将观义镇场镇的池塘村第4村民小组改制为红旗居民委员会。至此，全县共设有居民委员会16个，其中文昌镇7个，长卿镇1个，黎雅镇1个，许州镇3个，卧龙镇1个，观义镇1个，石牛镇1个，仙峰乡1个。
县人民政府为了进一步贯彻《民政部关于在全国推进社区建设的意见》，于2002年9月，对长卿镇南桥村居民委员会经过调整后，更名为经技园区南桥社区委员会。2003年6月，将县城文昌镇所辖的7个居民委员会经调整后，改制成潼江、翠云、崇文、紫阳等4个社区居民委员会。又将各乡镇所辖的8个居民委员会，经调整、扩大规模后，改制为卧龙镇兴龙社区、观义镇红旗社区、黎雅镇文昌宫社区、仙峰乡大桥社区、石牛镇金牛街社区、许州镇红军桥社区和吉阳社区等乡镇社区居民委员会。至2005年，全县行政区划，共设11个镇21个乡329个村，2240个组，12个社区居民委员会，69个社区居民小组。